Инструмент рисования пептида
Используйте «Клавиатуру аминокислот», чтобы собрать желаемую последовательность пептида, нажимая на кнопки с аминокислотами. По мере ввода последовательности свойства пептида будут автоматически рассчитываться и отображаться.
Созданная вами последовательность появится в текстовом поле ниже (Последовательность пептида). Это поле предназначено только для отображения и не требует ручного ввода. После завершения последовательности нажмите кнопку «Нарисовать пептид». Генерация изображения может занять до 5 секунд.
| Свойства пептида | |
|---|---|
| Последовательность: | |
| Длина: | |
| Масса: | |
| Изоэлектрическая точка (pI): | |
| Суммарный заряд: | |
| Гидрофобность: | |
| Коэффициент экстинкции1: | |
| Коэффициент экстинкции2: |
Структура пептида
Чтобы сохранить изображение пептида, кликните по нему правой кнопкой мыши и выберите "Сохранить изображение как...".
Объяснение свойств пептида
Последовательность: Введённая вами последовательность пептида, отображаемая в стандартизированном однобуквенном коде аминокислот.
Длина последовательности: Общее количество аминокислот в последовательности. Считаются только допустимые символы аминокислот.
Масса: Молекулярный вес пептида, рассчитанный как сумма атомных масс всех аминокислотных остатков, включая боковые цепи и добавленную массу молекулы воды.
Изоэлектрическая точка (pI): Значение pH, при котором пептид не имеет общего заряда. Рассчитывается моделированием изменений заряда при различных значениях pH с шагом 0.01.
Чистый заряд: Общий электрический заряд пептида при нейтральном pH, исходя из баланса положительно (основных) и отрицательно (кислотных) заряженных аминокислот.
Гидрофобность (шкала Вимли-Уайта): Мера взаимодействия пептида с водой. Значение отражает энергию, необходимую для перехода пептида из водной среды в гидрофобную (маслоподобную), с использованием экспериментально полученной шкалы Вимли-Уайта. Результат выражается в ккал/моль при нейтральном pH.
Молярный коэффициент экстинкции: Показатель поглощения света пептидом на длине волны 280 нм (УФ-свет). Рассчитывается на основе количества остатков триптофана (W), тирозина (Y) и цистинов (дисульфидно-связанных цистеинов) в последовательности.
Окисленная форма (присутствуют дисульфидные связи):
Коэффициент экстинкции = (W × 5500) + (Y × 1490) + (Цистины × 125)
Восстановленная форма (все цистеины свободны):
Коэффициент экстинкции = (W × 5500) + (Y × 1490)
Коэффициент экстинкции помогает оценить концентрацию белка в образце путем измерения УФ-поглощения.