Инструмент рисования пептида

Используйте «Клавиатуру аминокислот», чтобы собрать желаемую последовательность пептида, нажимая на кнопки с аминокислотами. По мере ввода последовательности свойства пептида будут автоматически рассчитываться и отображаться.

Созданная вами последовательность появится в текстовом поле ниже (Последовательность пептида). Это поле предназначено только для отображения и не требует ручного ввода. После завершения последовательности нажмите кнопку «Нарисовать пептид». Генерация изображения может занять до 5 секунд.

Клавиатура аминокислот
Природные аминокислоты
Специальные аминокислоты
N-конец: NH2 Ace
C-конец: COOH CONH2
Свойства пептида
Последовательность:
Длина:
Масса:
Изоэлектрическая точка (pI):
Суммарный заряд:
Гидрофобность:
Коэффициент экстинкции1:
Коэффициент экстинкции2:

Структура пептида

Чтобы сохранить изображение пептида, кликните по нему правой кнопкой мыши и выберите "Сохранить изображение как...".

Объяснение свойств пептида

Последовательность: Введённая вами последовательность пептида, отображаемая в стандартизированном однобуквенном коде аминокислот.

Длина последовательности: Общее количество аминокислот в последовательности. Считаются только допустимые символы аминокислот.

Масса: Молекулярный вес пептида, рассчитанный как сумма атомных масс всех аминокислотных остатков, включая боковые цепи и добавленную массу молекулы воды.

Изоэлектрическая точка (pI): Значение pH, при котором пептид не имеет общего заряда. Рассчитывается моделированием изменений заряда при различных значениях pH с шагом 0.01.

Чистый заряд: Общий электрический заряд пептида при нейтральном pH, исходя из баланса положительно (основных) и отрицательно (кислотных) заряженных аминокислот.

Гидрофобность (шкала Вимли-Уайта): Мера взаимодействия пептида с водой. Значение отражает энергию, необходимую для перехода пептида из водной среды в гидрофобную (маслоподобную), с использованием экспериментально полученной шкалы Вимли-Уайта. Результат выражается в ккал/моль при нейтральном pH.

Молярный коэффициент экстинкции: Показатель поглощения света пептидом на длине волны 280 нм (УФ-свет). Рассчитывается на основе количества остатков триптофана (W), тирозина (Y) и цистинов (дисульфидно-связанных цистеинов) в последовательности.

Окисленная форма (присутствуют дисульфидные связи):
Коэффициент экстинкции = (W × 5500) + (Y × 1490) + (Цистины × 125)

Восстановленная форма (все цистеины свободны):
Коэффициент экстинкции = (W × 5500) + (Y × 1490)

Коэффициент экстинкции помогает оценить концентрацию белка в образце путем измерения УФ-поглощения.